Gần chùa Phật Đá có ngã tư Bà Bèo, là nơi giao nhau của nhiều dòng kênh. Điểm giao nhau giữa hai dòng kênh Nguyễn Văn Tiếp và Sông Cũ gọi là Mũi Dụi. Sông Cũ theo tài liệu thư tịch là Tranh giang Tân kinh, tức kênh mới Rạch Chanh. Đây là con kênh do Đô đốc Tây Sơn là Đặng Trấn chỉ huy đào vào năm 1785, cũng là con kênh đào thứ hai của đất Nam bộ, sau kênh Vũng Gù (1705). Thời bấy giờ, quân Tây Sơn đào con kênh này nhằm mục đích quân sự, làm bàn đạp bao vây quân Đông Sơn phản loạn đóng tại Gò Lũy, nay thuộc xã Nhị Bình, H.Châu Thành (Tiền Giang).

Qua khỏi ngã tư Bà Bèo là tới Rạch Chanh. Địa điểm này sách vở, tài liệu xưa nói không khớp. Địa chí Tiền Giang nói đó là một con kênh đào, được khởi công dưới triều Minh Mạng, gọi là kênh Tranh Giang. Người Pháp ghi nhầm là Đăng Giang, hay kinh Thương Mại, được kéo dài đến tận sông lớn bởi rạch Bà Bèo và rạch Cái Bè. Tài liệu này mới xem qua có vẻ rất thuyết phục nhưng lại đi quá xa vấn đề. Một tấm bản đồ do người Pháp vẽ năm 1885 đã ghi Đăng Giang là kênh Thương Mãi và trên bản đồ này người ta thấy có đoạn khá dài chảy qua 3 làng Phú Mỹ, Hưng Thạnh và Mỹ Điền nối xuống Bà Bèo về hướng Mỹ Hạnh Đông. 

Trong Đại Nam thực lục tiền biên, cái tên Đăng Giang được nhắc đến ít nhất hai lần trong giai đoạn chúa Nguyễn Ánh còn bôn ba lưu lạc từ đất Ba Giồng đến chốn sình lầy Đồng Tháp Mười. Lần thứ nhất vào tháng 3 năm Đinh Dậu 1777, lúc Tây Sơn Nguyễn Huệ truy kích quân Lý Tài và Tân Chính vương. Lần thứ hai vào mùa hạ, tháng 4 năm Quý Mão 1783, chúa Nguyễn Ánh bị Tây Sơn truy đuổi, Nguyễn Ánh đến sông Đăng Giang, sông có nhiều cá sấu, không thể lội qua. Nhân có con trâu nằm bên sông, ông cưỡi để sang sông. Giữa dòng nước, trâu chìm mất, cá sấu đến giúp đưa chúa qua sông chạy thoát về Mỹ Tho… 

Và nhiều giai thoại

Vào đầu thế kỷ 20, theo Nam kỳ phong tục nhơn vật diễn ca thì chùa Phật Đá nằm ở kênh Bà Bèo, làng Mỹ Hạnh. Nhưng ngôi làng rộng lớn này đã được chia tách trước đó rất lâu. Lúc vua Minh Mạng sai lập địa bạ vào năm 1836 thì đã có 3 thôn Mỹ Hạnh Đông, Mỹ Hạnh Trung và Mỹ Hạnh Tây. Khi thực dân Pháp đánh chiếm Nam kỳ, một số đồn điền phía nam Đồng Tháp Mười giải tán theo quân khởi nghĩa, thôn Mỹ Hạnh Tây về sau nhập với Long Phước thành làng Mỹ Phước Tây (nay thuộc xã Mỹ Phước Tây, H.Cai Lậy). Đến tháng 8.1864, Thiên hộ Võ Duy Dương lập cứ khởi nghĩa ở Tháp Mười, giặc Pháp xua quân đàn áp, có một tuyến đường hành quân của giặc qua đây. Dấu vết tuy không còn, nhưng đến nay vẫn còn nghe các bô lão kể về “trận lửa rừng” đốt cháy ngôi đình làng Mỹ Hạnh Trung.

Làng Mỹ Hạnh đến đầu thế kỷ 20 vẫn còn nhiều chỗ hoang vu, trộm cướp lộng hành, nên trong Nam kỳ phong tục nhơn vật diễn ca xuất bản năm 1909, có chép: “Ở làng Mỹ Hạnh giữa gò/ Ra vô những kẻ chăn bò chăn trâu/ Thường khi trộm cướp đâu đâu/ Đem đồ tang vật tới âu ở nhờ”.

Chùa Phật Đá hiện tại cách ngôi chùa cổ hơn nửa cây số về hướng tây bắc. Chuyện dân gian kể rằng xưa có một gã mục đồng lớn tuổi. Một hôm ông thả trâu lội ngang qua Bàu Sọ thì gặp phải một tượng đá dài, to lớn, nằm dưới lớp sình dày, liền chạy về báo cho dân làng biết. Bà con vội chạy đến khiêng tượng lên xem thì đây là pho tượng Phật bằng đá có bốn tay, đứng trên tòa sen. Dân làng rước tượng về lập chùa thờ, từ đó dân gian gọi là chùa Phật Đá. Mấy năm sau đó, quan Bảo hộ Thoại Ngọc Hầu qua đây, thình lình vợ ông phát bệnh. Có người mách bảo phải vào chùa van vái mới mong khỏi bệnh, quan Bảo hộ nghe theo và quả nhiên hiệu nghiệm.

Sau đó, ngôi chùa được Bảo hộ Thoại Ngọc hầu xây dựng lại khang trang và đặt tên chùa là Linh Phước. Việc này cũng được tác giả Nam kỳ phong tục nhơn vật diễn ca chép lại như sau: “Ông Bảo hộ Thoại qua kinh/ Bà cảm thời chứng thình lình phát đau/ Ông Thoại xót xa ưu sầu/ Trên bờ mách miệng phật cầu hiển linh/ Vái van lập tức bịnh lành/ Ngày sau tu chỉnh mới thành chùa to”. Tuy nhiên, chuyện này cũng là giai thoại, bởi Thoại Ngọc Hầu Nguyễn Văn Thoại sinh năm 1761, còn chùa Linh Phước có vào 1789, năm đó Nguyễn Văn Thoại chưa làm quan tới chức Bảo hộ.

Nhưng ở vùng này còn có một vị quan lớn tuổi hơn, vào năm 1778, sau khi chiếm lại Gia Định được chúa Nguyễn  phong chức Bảo hộ Chân Lạp, đó là Khâm sai Chưởng cơ Hồ Văn Lân, người huyện Kiến Đăng. Nay còn mộ và bài vị thờ ở chùa Kim Tiên, thị trấn Cai Lậy. Có thể là do người xưa nhầm lẫn. Khi thực dân Pháp chiếm lục tỉnh Nam kỳ, chùa không còn khách vãng lai, trở nên hoang vắng. Khoảng năm 1886, tượng Phật bị đánh cắp đưa về chùa Mục Đồng ở Chợ Bưng. Năm sau, người dân địa phương phát hiện và đưa trở về chùa, rồi rước cụ Từ Hòa về trụ trì.

Khoảng năm 1926, thực dân Pháp cho xáng đào kênh La-com (nay gọi là kênh Nguyễn Tấn Thành). Huyền thoại xưa lặp lại, rằng có một bà đầm, vợ ông chủ chiếc xáng ghé lại chùa, ra sau rửa mặt thì bị nổi mề đay, ngất xỉu. Chủ hãng xáng sợ quá phải cúng vái. Khi chùa được trùng tu, xung quanh vườn chùa có nhiều cây sao cao ngất. Thời đó, khách thương hồ qua kênh, từ xa đã nhìn thấy hàng sao ấy, biết là địa điểm chùa Phật Đá. Bấy giờ có ông Cử nhân Lưu Liệu, người của phong trào Văn Thân ở miền Trung bị đàn áp chạy về đây tá túc, mở lớp học dạy chữ Nho. Người học trò xuất sắc của ông là ông Phan Văn Khoẻ, về sau làm Bí thư xứ ủy Nam kỳ.

Năm 1946, giặc Pháp đánh vô Bà Bèo, chùa Phật Đá bị hư hại nặng. Hưởng ứng lời kêu gọi kháng chiến, chùa đã mang đại hồng chung hiến cho công binh xưởng để chế tạo vũ khí. Hàng trăm cây sao to quanh chùa phải đốn hạ, làm vật cản chặn tàu giặc. Sau năm 1954, chùa được tái xây dựng, nhưng không bao lâu thì chiến tranh bùng nổ. Khoảng năm 1964, giặc ném bom, chùa bị cháy, tượng phật đá cổ bị gãy đổ. Số tượng Phật còn lại phải di tản ra Gò Lũy, sau đó dời về Mỹ Tho. Rồi năm 1978, pho tượng Phật bằng đá lại bị đánh cắp, đến nay chưa tìm lại được.

Năm 2006, chư tôn, tăng ni cùng đồng bào phật tử gần xa đóng góp tiến hành trùng tu lại ngôi chùa, tượng Phật Đá được phục chế theo trí nhớ người xưa.