Theo nhận định của Trung tâm Khí tượng thủy văn Trung ương, triều cường đang ở mức cao kết hợp với gió chướng đẩy nước mặn xâm nhập sâu vào nội đồng và thời gian mặn xâm nhập mạnh từ tháng 1 đến tháng 4-2014. Theo đó, Công ty TNHH MTV Khai thác Công trình thủy lợi dự kiến khả năng cống Vàm Giồng đóng ngăn mặn từ ngày 1-1-2014 trở đi; cống Xuân Hòa sẽ lấy nước không ổn định từ ngày 1-3 đến ngày 9-3-2014 và đóng ngăn mặn từ ngày 10-3-2014. Còn các cống trên sông Tra và rạch Gò Công chính thức đóng ngăn mặn sau ngày 15-12 tới.

Lịch vận hành cụ thể, từ ngày 25-11 đến 15-12, hệ thống cống trong vùng dự án vận hành phục vụ thu hoạch thu đông và lắp vụ đông xuân 2013-2014. Từ ngày 16-12 đến 31-12, hệ thống tiến hành tích trữ nước tưới và từ ngày 1-1 đến 28-2-2014 tập trung phục vụ sản xuất. Từ ngày 1-3-2014 đến cuối vụ, cống Xuân Hòa đóng ngăn mặn, chỉ lấy nước khi độ mặn trên sông tại bến đò Hòa Định nhỏ hơn 2 g/l, tất cả các cống khác đều đóng ngăn mặn.

Trong quá trình các cống đóng ngăn mặn, công ty sẽ tiến hành lấy gạn nước ngọt khi điều kiện giới hạn mặn ngọt dao động cho phép để bổ sung cho dự án phục vụ dân sinh. Ngoài ra, công ty còn có kế hoạch vận hành hệ thống cống điều tiết nước ở các khu cục bộ thuộc khu 1 vùng 3, khu 2 vùng 3, Nam kinh Xuân Hòa, Tân Điền, Khương Thọ, Bà Lọ, Bà Xồm, Thợ Tiện; các khu vực vùng trũng ở An Thạnh Thủy, Thạnh Nhựt, Thạnh Trị, Yên luông và các khu vực dọc kinh 14...; kiểm tra và vận hành các cống tiếp nước ở chế độ lấy 1 chiều vào khu độc lập xa nguồn.

Dự kiến vụ đông xuân 2013-2014, toàn Dự án ngọt hóa Gò Công xuống giống 29.530 ha lúa và màu, trong đó xuống giống vụ lúa đông xuân trước ngày 15-12 khoảng 26.400 ha và sau ngày 15-12 gần 2.500 ha.