Theo Quyết định 1738/QD9-BGTVT của Bộ Giao thông vận tải, lý do điều chỉnh dự án là do ảnh hưởng của khủng hoảng kinh tế toàn cầu tác động đến nền kinh tế nên lượng hàng vận chuyển qua kinh Chợ Gạo đã có những thay đổi giảm đáng kể so với dự báo ban đầu, năm 2012 giảm gần bằng với mức năm 2004 (khoảng 49 triệu trấn); xu hướng sử dụng đội tàu lớn vận tải qua kinh cũng không tăng trưởng như dự báo. Một số yếu tố ảnh hưởng đến việc triển khai dự án như đơn giá vật liệu, nhân công, giải phóng mặt bằng… cũng có nhiều thay đổi cần cập nhật lại.

Trên cơ sở đó, nội dung và quy mô xây dựng của dự án được điều chỉnh như sau: Hướng tuyến có điểm đầu tại Km0+000 (vị trí ngã ba Vàm Cỏ) đến điểm cuối tại Km28+687 (ngã ba sông Tiền). Tổng chiều dài tuyến 28,687 km, chia làm ba đoạn, gồm đoạn Rạch Lá (10,25 km), đoạn Chợ Gạo (11,6 km) và đoạn Rạch Kỳ Hôn (6,837 km).

Nâng cấp luồng đạt tiêu chuẩn kinh cấp II với chiều rộng đáy tàu B=55m. Phương án xây dựng gồm nạo vét tuyến luồng của 3 đoạn rạch với tổng khối lượng nạo vét 1,08 triệu m³, công trình bảo vệ bờ (kè thảm thực vật, kè thảm đá), cầu, đường dân sinh và hệ thống phao tiêu báo hiệu. Địa điểm phạm vi giải phóng mặt bằng thuộc địa phận 2 tỉnh Long An (xã Thanh Vĩnh Đông, huyện Châu Thành) và Tiền Giang (TT. Chợ Gạo, xã Bình Phan, Bình Phục Nhứt, Tân Thuận Bình, Qươn Long, Hòa Định, Xuân Đông, Song Bình và Đồng Sơn).

Tổng mức đầu tư dự án điều chỉnh gần 2.270 tỷ đồng. Dự án được phân kỳ đầu tư làm hai giai đoạn.

Giai đoạn 1 (đến năm 2015) với tổng mức đầu tư là gần 787 tỷ đồng gồm: Giải phóng mặt bằng 29,45 ha tại Rạch Lá, Rạch Kỳ Hôn và bờ Bắc Chợ Gạo (xã Qươn Long và xã Tân Thuận Bình, huyện Chợ Gạo; xã Đồng Sơn, huyện Gò Công Tây); nạo vét luồng đoạn Rạch Lá, Rạch Kỳ Hôn và nạo vét chân kè bờ Bắc Chợ Gạo, xây dựng một số bãi đổ đất nạo vét phục vụ nạo vét đoạn Kỳ Hôn và Rạch Lá;

Xây dựng 6,25 km kè thảm đá tại bờ Bắc Chợ Gạo và 5,9 km kè trồng cây tại Kỳ Hôn và Rạch Lá; xây dựng đường nông thôn loại B khoảng 6,2km tại bờ Bắc Chợ Gạo và 0,35km tại Rạch Kỳ Hôn.

Giai đoạn 2 (dự kiến từ năm 2016 - 2017) với tổng mức đầu tư gần 1.500 tỷ đồng cho các hạng mục còn lại của dự án điều chỉnh.

Tiến độ thực hiện dự án: Giai đoạn 1 (đến năm 2015), giai đoạn 2 (dự kiến từ năm 2016 - 2017). Giai đoạn 2 sẽ được đầu tư khi điều kiện nguồn vốn cho phép và vào thời điểm thích hợp. Chủ đầu tư dự án là Cục Đường thủy nội địa Việt Nam.