Theo quyết định trên, Cảng vụ Đường thủy nội địa là đơn vị sự nghiệp có thu, có tư cách pháp nhân, trụ sở con dấu và tài khoản riêng.

Cảng vụ Đường thủy nội địa có chức năng giúp Giám đốc Sở Giao thông vận tải thực hiện chức năng quản lý nhà nước chuyên ngành về giao thông vận tải đường thủy nội địa tại cảng, bến thủy nội địa thuộc phạm vi quản lý của tỉnh theo quy định của pháp luật nhằm bảo đảm việc chấp hành các quy định của pháp luật về trật tự an toàn giao thông đường thủy nội địa và phòng ngừa ô nhiễm môi trường.

Cảng vụ Đường thủy nội địa có Giám đốc và Phó Giám đốc. Tổ chức giúp việc gồm: Văn phòng và Phòng nghiệp vụ

Số lượng người làm việc của Cảng vụ Đường thủy nội địa năm 2015 là 18 người và 2 lao động hợp đồng theo Nghị định 68/2000/NĐ-CP của Chính phủ.