Sau 3 năm miệt mài học tập và rèn luyện ở Trường Sĩ quan Đặc công, năm 2007 anh về công tác ở Đại đội Trinh sát, trải qua nhiều cương vị công tác (trung đội trưởng, đại đội phó và đại đội trưởng hiện nay), anh đã cùng Cấp ủy, Ban Chỉ huy đại đội quản lý, điều hành đơn vị thực hiện hoàn thành tốt các chỉ tiêu nhiệm vụ.

Trong quá trình công tác, với vai trò là Phó Bí thư Chi bộ 8, Đảng ủy viên Đảng bộ Phòng Tham mưu, anh thường xuyên trao đổi, hội ý với Cấp ủy, Ban Chỉ huy đại đội để xác định chủ trương, biện pháp lãnh đạo đơn vị thực hiện và hoàn thành tốt các chỉ tiêu, nhiệm vụ chính trị trọng tâm.

Bản thân anh đã tham gia đầy đủ các môn huấn luyện cán bộ theo chương trình hàng năm, phấn đấu rèn luyện về mọi mặt, hoàn thành tốt các chỉ tiêu cá nhân và cùng tập thể đơn vị hoàn thành xuất sắc mọi nhiệm vụ thường xuyên và đột xuất, chẳng hạn như: Duy trì đơn vị thực hiện nghiêm công tác sẵn sàng chiến đấu bảo vệ an toàn khu vực đóng quân vào các cao điểm lễ, Tết; quản lý quân số, vũ khí, trang bị kỹ thuật, bảo đảm an toàn tuyệt đối, góp phần nâng cao bản lĩnh và khả năng hiệp đồng chiến đấu của đơn vị.

Anh cùng với Cấp ủy, Ban Chỉ huy tổ chức quán triệt, phân công theo dõi, phân cấp huấn luyện đúng kế hoạch huấn luyện đã được phê duyệt. Không ngừng phát huy tốt vai trò, trách nhiệm trong quản lý, chỉ huy điều hành đơn vị huấn luyện theo kế hoạch.

Cùng với Chi ủy thường xuyên kiểm tra, quản lý, giáo dục và rèn luyện đảng viên, kiện toàn nâng cao năng lực lãnh đạo và sức chiến đấu của tổ chức đảng, thực hiện đúng nguyên tắc tập trung dân chủ, chế độ tự phê bình và phê bình trong sinh hoạt Đảng.

Trong quá trình công tác, anh luôn gương mẫu thực hiện tốt việc học tập và làm theo tấm gương đạo đức Hồ Chí Minh và Cuộc vận động “Phát huy truyền thống, cống hiến tài năng, xứng danh Bộ đội Cụ Hồ”. Mặt khác, anh cùng với tập thể Chi ủy, Ban Chỉ huy đơn vị lãnh đạo thực hiện tốt công tác hậu cần - kỹ thuật, tận dụng nguồn thu từ tăng gia sản xuất và dịch vụ nhằm nâng cao đời sống vật chất, tinh thần cho cán bộ, chiến sĩ trong đơn vị.

Thường xuyên theo dõi nắm bắt tình hình, tư tưởng của bộ đội, tiếp thu, lắng nghe, giải trình thỏa đáng các ý kiến đóng góp của cấp dưới; chân thành tiếp thu đóng góp ý kiến của tập thể vào quá trình lãnh đạo của Cấp ủy, Ban Chỉ huy đại đội; thực hiện tốt quy chế dân chủ ở cơ sở; giải quyết tốt những vấn đề liên quan đến lợi ích, chế độ, tiêu chuẩn được hưởng và nhu cầu về đời sống vật chất, văn hóa, tinh thần của bộ đội.

Với những thành tích xuất sắc trong học tập, rèn luyện và công tác, năm 2014 Đại úy Lê Thanh Phong vinh dự được Bộ Quốc Phòng tặng Bằng khen, Bộ Chỉ uy Quân sự tỉnh tặng Giấy khen và được Đảng ủy Quân sự tỉnh tặng Giấy khen tại Hội nghị tổng kết 4 năm thực hiện việc học tập và làm theo tấm gương đạo đức Hồ Chí Minh (2011 - 2014).